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　フレックスタイム制は、始業・終業を従業員に委ねる制度ですが、従業員に広く裁量があると誤解されがちです。労働時間や休日に関して適用を除外している労基法41条をみましても、フレックス制の規定は見当たりません。

　36協定を有効に締結しなければ、時間外・休日労働に従事させることはできません。スーパーフレックスやフルフレックスなどの名称で、コアタイムを設定せず、裁量労働的な働かせ方をしていたとしても、休日出勤を適法化する協定の有無とは別の問題です。

　36協定届は法定の様式を用いる必要がありますが、休日労働の欄をみますと、労働させることのできる法定休日の日数などを記載することになっています。記載する必要があるのは、週１日または４週４日の休日についてです。行政解釈は、「４週間に４日の休日を確保する場合、協定届出の義務はない」と述べています。もっとも、法定休日でない場合（たとえば、日曜休日が確保されている中での土曜出勤）、法定休日労働の割増賃金は発生しませんが、休日労働は清算期間内の実労働時間としてカウントの対象となり、時間外割増賃金の問題になります。

　法定外休日の労働は、フレックス制の清算期間（１カ月等）を通算した総労働時間が法定の範囲内なら36協定なしで、法定時間外労働に及ぶ場合は同協定を前提として、可能となります。